Os primeiros habitantes das terras de Aracati, os índios Potyguara,[7] provavelmente teriam entrado em contato com os europeus em 2 de fevereiro de 1500, através navegador espanhol Vicente Yáñez Pinzón, que aportara no local denominado Ponta Grossa ou Jabarana, segundo o historiador Tomás Pompeu de Sousa Brasil.
Pero Coelho de Souza, durante a expedição contra os franceses que haviam invadido o Maranhão, ergueu a 10 de agosto de 1603, às margens do rio Jaguaribe, o Fortim de São Lourenço, e a sua permanência deu a origem do povoado, São José do Porto dos Barcos.
Aracati tornou-se um ponto de apoio militar e várias edificações são construídas: Bateria do Retiro Grande, Presídio da Ponta Grossa, Presídio de Coroa Quebrada, Presídio do Morro de Massaió e outras. A ocupação definitiva de Aracati teve início com o funcionamento das Oficinas ou Chaqueadas do Ceará, que foram responsáveis por possibilitar a competitividade da pecuária no estado, tendo em vista os privilégios da Zona da Mata pernambucana com a cultura canavieira. Aracati transformou-se então em produtor de carne seca e no principal porto de exportação deste produto para as regiões canavieiras, além de continuar a ser um ponto de apoio militar (Fortim de Aracati), agora com o intuito de proteger o porto, as transações comerciais e os habitantes contra os ataques do índios como os Payacu.
A possibilidade de abate e conservação da carne, através do charque, foi a principal responsável pela ocupação e desenvolvimento das terras do Ceará. Por volta de 1740 já existiam Oficinas em Aracati, inicialmente no pequeno Arraial de São José dos Barcos do Porto dos Barcos do Jaguaribe, depois elevada à categoria de Vila com o nome de Santa Cruz do Aracati, hoje cidade do Aracati.O comércio de carne e couro atraía abastados senhores de locais diversos, Aracati manteve-se por longo tempo como localidade de maior influência de formação econômica, social e política do povo cearense.
Com o crescimento do povoado, no local em 1714 foi erguida uma capela, e em 1743 foi instalado um juizo e tabelião local.
Já no fins do século XVIII Aracati se transformara, juntamente com as vilas de São Bernardo das Russas e Icó, na praça de negócios mais desenvolvida do Ceará.
Em 10 de fevereiro de 1748 foi elevada a categoria de vila (ato oficial), no mesmo ano foi erguido um pelourinho e empossada a Câmara.
Em 1770, foram erguidas a Casa da Câmara e a Cadeia, na rua do Comércio, antiga rua das Flores.
Em 1779, Aracati contava com cerca de 2 mil pessoas, cinco ruas e muitos sobrados e mais de setenta lojas.
Em 1829, foi apresentada na Assembleia Geral do Ceará uma proposta que pretendia transferir a sede do Governo da Capitania para a Vila de Aracati, mas foi rejeitada.
Em 25 de outubro de 1842, a Vila foi elevada a condição de cidade, pela Lei Provincial 244.
Em 1824, durante a Confederação do Equador, a vila de Aracati tornou-se palco de um dos acontecimentos marcantes da história do Nordeste Brasileiro: Tristão Gonçalves de Alencar Araripe chefiou tropas rebeldes que atacaram e arruinaram a localidade, permanecendo no local por uma semana. Aracati sofreu com as inundações do rio Jaguaribe, hoje controladas com a construção de um dique.
Foi reconstruída ao lado direito e de costas para o rio Jaguaribe para que os ventos levassem para longe os odores dos locais de abate do gado, esta conformação urbana permanece até os dias de hoje, resultando em uma falta de integração da cidade com o rio responsável por seu surgimento.
